河流水系的生態修復主要包括各類污染的人工或天然湖泊。

 城鎮中的小型河道，包括開放式和封閉式湖泊河道。開放式湖泊河道雖然對湖泊河道周圍進行了截污，但還是會受到上游來水，周邊雨水排放和河道底部泥物的影響。封閉式河道通常位于河道的盲端，截污后情況相對穩定。

處理方案的選擇：

 底泥疏浚、河道抱起、生態浮床、生態基人工水草，以沉水植物為主的生態水處理系統、微生菌體等，在截污不充分的情況下可采用人工濕地或凈化設備輔助凈化。